Los tres patios asumen un protagonismo muy marcado en el edificio, presentan influencias mudéjares lo que los hace claramente distintos de los patios del Rectorado de marcado carácter italiano.
El patio central denominado “patio de la Reforma”, de mayores dimensiones y ubicado en el eje de la composición, se configura como el corazón de la vida institucional de la facultad. Las galerías que rodean el Patio de la Reforma son características por sus dos órdenes marcadamente diferenciados según el nivel de piso: en planta baja intercolumnios simples de composición serliana, y en el nivel superior se incrementa el ritmo con dobles columnillas salomónicas, todo ello rematado por una cornisa con motivos geométricos y gárgolas zoomorfas. Lamentablemente este patio perdió mucho de su calidad arquitectónica cuando en una ampliación realizada en los años ’60 del siglo XX, se agregó una tercera planta que intentó mantener el criterio ornamental de los claustros pero desvirtuó por completo las proporciones del mismo, al aumentar la altura en un nivel.
Los patios laterales, conocidos con el nombre de “patios de los naranjos”, de tradición musulmana, poseen claras referencias a los Jardines granadinos, principalmente a raíz de la presencia de agua: disponen de una pequeña acequia longitudinal, bordeada por lajas de mármol de Carrara y rematada en dos fuentes circulares en sus extremos que centralizan el espacio. Además de agua, los naranjos que bordean la acequia también constituyen la ineludible memoria de la presencia árabe en España.
En contraposición, las galerías que rodean los patios de los naranjos adquieren un sencillo carácter renacentista que es sutilmente perturbado por los mascarones que asoman en los pilares de las balaustradas superior con formas de personajes fantásticos.
Las fuentes, los bancos en los laterales de las escalinatas y los faroles, invitan a vivir el espacio académico hacia adentro.
